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現職の警官である梶が、アルツハイマーで苦しむ妻を扼殺したと自首してきた。しかし犯行に及んだのは ３日前であるという。しかし梶は、その間の２日間については何も語ろうとせず、取り調べはいわゆる「半落ち」 状態となる。 捜査が進むにつれて、梶はその間に新宿歌舞伎町に赴いていたのではないかという疑惑が湧きあがる。 実直で温厚な警官である彼は、一度は死を覚悟しておきながら、何故生き恥を晒すように自首という手段 を決意したのか？ 一体空白の２日間で何が起こったのか？
近未来の地球。そこは環境汚染がすすみ、人々は宇宙を新しい住処としていたが、唯一日本だけは地球に 残り、汚染の尻拭いをさせられている。 そんな日本でエリートを育てる為に存在する「大東京学園」は、毎年、厳しい試験を勝ち抜いてきた少年 たちが入学してくる。アキラとシゲルの二人も同期で入学し、厳しくもどこかずれている学園生活を送る。 この学園には「新宿クラス」という、思想的に問題ありとされている少年達が集められ、地雷の撤去の訓練など、 生命にかかわる過酷な授業を受けている。彼らの真の目的は学園からの「脱走」。以前に兄が脱走を成し遂げた アキラは以前から生活指導員に目をつけられ、遂に「新宿クラス」に入れられてしまう。 シゲルはシゲルで、学園内に幽閉された不思議な少女キョウコとアキラと３人で、学園を脱走しようと心に 決めている。果たして、彼らは厳しい監視下の中、無事に学園からの「脱走」を果たせるのか…？
蓑浦と初代は恋人同士であるが、諸戸という男性が蓑浦に対して怪しい恋心を持っているため、なかなか 結婚が出来ないでいる。そんな時、初代が自宅で密室状態で殺害されてしまう。蓑浦は、知り合いで素人探偵 の深山木にこの謎の解明を依頼するが、「この事件はあまりに恐ろしい」といったことを言い残し、やはり 彼も海水浴場といった、何百人もの目撃者の居る中で殺害されてしまう。 この事件は初代の過去にあると考えた蓑浦は、彼女が残した系図をヒントに諸戸と二人推理をすすめ、 諸戸の父親にあたる人物が深く関わっていることを突き止める。そして、その人物が住んでいる孤島に向かい、 そこで恐怖の体験をする…。
刑務所から出所した健次は、足を洗い社会復帰を望む。しかしそれには元手がいる。そこで考えたのが 誘拐。これが最後の犯罪と決め、信用置ける雑居房仲間の正義と平太と３人で計画を立てる。ターゲットは 柳川家の当主で、持山およそ４万ヘクタールの資産家とし子刀自。首尾よく連れ出したはいいが、いつの間にか 親玉はとし子自身になっていた。はじめ５千万円を請求する予定だったのが、彼女は「１００億円」と 言い張る。そして、３人ととし子、そして警察が繰り広げる、世界でも例を見ない誘拐劇が始まるのであった…。
ニ・ニ六事件に未来の人間が介入し、歴史を変更しようとする（正確に言うと、他のある歴史を変更した ため、タイムパラドックスが無いようにするため、正しい歴史を作ろうとしている）。滞りなく作業が終了できるように、協力者として、事件の重要人物三人を選び、 彼らを事件勃発時まで戻し、正しい行動を取らせようとするが、どうしても、不慮の事故などが起こり、 その度に、彼らは懐中時計のような連絡機を通じて、未来の人間と連絡をとり、歴史をやり直しさせられる。 その「不一致」はコンピュータが認知するのだが、死なないはずの人間が死んでしまったり、ありも しない詔の話が出ても「不一致」にならないことがあり、未来の人間達はパニックに陥り、三人の頭に 描いた計画を実行にうつしていく…。